Durante 24 temporadas en las Grandes Ligas, Pete Rose escribió con letras de oro una brillante carrera en la que terminó como líder de imparables de todos los tiempos con 4,256.
Posteriormente se convirtió en dirigente de los Rojos de Cincinnati desde la campaña de 1984 hasta 1989 y regularmente mantuvo al equipo en la pelea. Aunque nunca clasificó, Rose logró un récord de 412-373.
Sin embargo, en febrero de 1989 su carrera dio un giro negativo ya que fue interrogado por el saliente comisionado de las Grandes Ligas, Peter Ueberroth y su reemplazo, Bart Giamatti, debido a informes que circulaban en aquel entonces que lo vinculaban con las apuestas en el béisbol.
Rose de inmediato negó las acusaciones y Ueberroth dejó a un lado las investigaciones, pero tres días después Giamatti se convirtió en comisionado de las Mayores y contrató al abogado John M. Dowd para investigar las acusaciones hacia Rose.
Una historia de Sports Illustrated del 21 de marzo de 1989 dieron al público el primer reporte detallado de las alegaciones que confirmaban que Rose había apostado en los partidos del béisbol.
Dowd entrevistó a muchos de los asociados de Rose, incluyendo corredores de apuestas y en mayo de ese año presentó su informe a la oficina del comisionado. En su reporte, Dowd presentó documentos sobre presuntas actividades de apuestas de Rose en 1985 y 1986 y una recopilación diaria de apuestas en el béisbol realizadas por Rose durante la temporada de 1987.
El reporte de Dowd alegó que Rose apostó en 52 juegos de los Rojos de Cincinnati en 1987 e invirtió un mínimo de 10 mil dólares por día. Otras personas involucradas en las acusaciones sostienen que el número era en realidad de dos mil dólares al día.
De acuerdo con el Reporte Dowd, no se encontraron evidencias de que Rose hizo apuestas en contra de los Rojos.
Críticos del béisbol en ese entonces evaluaron la situación de Pete Rose y muchos coincidieron en que el principal problema de Rose y las apuestas en el béisbol, específicamente las apuestas en las que se veían involucrados los Rojos, era que él como dirigente tenía luz verde para controlar los juegos y tomar decisiones que podían mejorar sus posibilidades de ganar sus apuestas, factor que ponía en peligro la integridad del juego.
Rose continuó negando las acusaciones que lo vinculaban a las apuestas y rehusó comparecer en una audiencia con el comisionado Giamatti. Presentó una demanda alegando que el comisionado había prejuzgado el caso y que no se garantizó un juicio justo. Luego un juez de Cincinnati emitió una orden de restricción temporal para retrasar la audiencia, pero Giamatti luchó para trasladar el caso a la corte federal. Giamatti prevaleció en su esfuerzo luego de que él y Rose entraran en negociaciones para buscar una solución al caso.
El 24 de agosto de 1989, Rose voluntariamente aceptó un lugar en el listado inelegible del béisbol. En ese momento entendió que había una razón objetiva para su exclusión y en cambio las Grandes Ligas acordaron no seguir con la pesquisa para una mayor comprobación de que Rose apostó en el béisbol.
Durante una entrevista realizada en el 2002, Dowd afirmó que creía que Rose pudo haber apostado en contra de los Rojos.
Recientemente Rose ha admitido estar involucrado en las apuestas, negando haberlo hecho en contra de su equipo. El debate sobre el perdón de parte de la organización de las Grandes Ligas, su reinstalación y potencial ingreso al Salón de la Fama continúa hasta el día de hoy, aunque el 28 de julio del 2009 el comisionado de baseball Bud Selig ponderó la posible readmisión de Rose para ser electo al salón de la fama, en la que ya se ha visto el apoyo de ex jugadores, como de miembros ya exaltados como Hank Aaron.
Su camiseta número 14 no ha podido ser retirada por los Rojos de Cincinnati debido a la exclusión que pesa sobre Rose, pero su hijo Pete Rose Jr. la utilizó durante la campaña de 1997. Nadie más ha usado ese número y es muy probable que en Cincinnati jamás vuelva a ser utilizado.