Marichal también es recordado por un incidente que se produjo el 22 de agosto de 1965, en un juego de los Gigantes contra los Dodgers de Los Ángeles. Dos veces en las tres primeras entradas, Marichal había tirado cerca de la cabeza del bateador de los Dodgers Maury Wills.
Como Marichal estuvo bateando contra Sandy Koufax en el último de la tercera entrada, al receptor de los Dodgers Johnny Roseboro retornarle la pelota a Wills esta (la pelota) le rozó demasiado cerca la cabeza y otro la oreja a Marichal.
Se intercambiaron palabras y Roseboro arrojó su casco y máscara de catcher, levantandose para continuar la discusión. Marichal respondió golpeando repetidamente la cabeza sin protección de Roseboro con su bate. La banca se vació en una pelea de 14 minutos, mientras que el capitán de los Gigantes Willie Mays dijo que para el sangrado de Roseboro serían necesarios 14 puntos .escoltandolo de nuevo al dugout.
Marichal fue expulsado, suspendido por nueve días y una multa de $ 1,750. También se le prohibió asistir a la serie final de los Gigantes con los Dodgers en Los Angeles en septiembre 6-7. Las fotos del incidente (Guía Oficial de Béisbol 1966, Sporting News, p. 19) también muestran a Tito Fuentes (que estaba en el círculo de espera) agarrando un bate amenazadoramente, pero Fuentes no llegó a golpear a Roseboro y no fue expulsado. Roseboro se perdió un par de juegos y regresó a la alineación el día 25.
Roseboro presentó una demanda contra Marichal, pero finalmente todo se arregló fuera de los tribunales, supuestamente por $ 7.000. Marichal y Roseboro finalmente llegaron a convertirse en amigos, conciliando cualquier animosidad personal e incluso autografiando fotografías de la pelea.
Muchas personas protestaron contra la pena impuesta, ya que le costaría a Marichal uno o dos juegos. Los Gigantes se encontraban en una apretada competencia por el banderín con los Dodgers (así como también con los Rojos, los Piratas, y los Bravos) y la competencia se decidía con sólo dos partidos por jugar. Los Gigantes terminaron ganando el juego del 22 de agosto reduciendo la ventaja a tan sólo a medio juego, finalmente perdieron el campeonato por dos juegos.
Irónicamente, los Gigantes tuvieron 14 victorias consecutivas durante la ausencia de Marichal. Los Dodgers ganaron 15 de sus últimos 16 partidos (después del regreso de Marichal) para ganar el banderín. Marichal ganó en su primer partido, 2-1 frente a los Astros el 9 de septiembre, pero perdió sus últimas tres decisiones y los Gigantes cayeron en la semana final de la temporada.
Marichal fue pasado por alto en la elección para el Salón de la Fama durante sus primeros cuatro años de elegibilidad, porque los votantes de la Baseball Writers Association of America todavía ponían como excusa el ataque en su contra de Roseboro. Sin embargo, después de un llamado personal de Roseboro, Marichal fue electo en 1983, y agradeció a Roseboro en su discurso de inducción. El 27 su número de uniforme fue retirado por los Gigantes.
